1979年自民党政权再次发动反攻。自民党“教科书问题小委员会”等攻击教科书的所谓“偏向”，文部省竟然对审定合格的教科书也提出“参考意见”，以“勘误”程序强制更改教科书的内容，引起日本社会各界的强烈反对。1981年，筑波、东大、一桥等著名学府的教授、作家发表“教科书社会科著者有志声明”；日本教职员工会发表“关于今日教科书问题的要求书”，反对日益加强的教科书“国定化”倾向。1982年，高中教科书统统遭到文部省的篡改，“侵略”被改为“进出”，中、韩等国对此提出强烈抗议。教科书问题引起亚洲国家的关注。

1997年8月，最高法院对家永第三次教科书诉讼作出终审判决。最高法院的判决虽然纠正了文部省美化侵略罪行的违法审定，但却使国家审定教科书的制度得到了法律保障。

1993年8月宫泽内阁官房长官河野洋平发表了“关于慰安妇问题的政府见解”，承认事实并表示道歉和反省。同月细川护熙在当选首相后，对亚洲太平洋战争性质明确表示“是侵略战争、是错误的战争”。就在这一年，外务省的外围团体国际教育情报中心计划编辑出版中日、韩日、英日3种文字对照版本的日本小学、初中和高中的历史教科书汇编，尝试与亚洲各国进行沟通。然而，1994年3月《现代史中的日本－小学卷》出版后，已经翻译成文的初中卷却因“经费困难”未能问世。1995年8月15日村山富市首相发表了“村山谈话”，承认日本殖民地统治与侵略的历史事实并表示了道歉。村山内阁还拨专款希望关于中日之间的历史问题进行共同研究，在历史认识问题上表现出积极的姿态。

80年代后期以来，几乎所有的教科书都记述了南京大屠杀事件，在1983年的审定中被文部省责令删除的“731部队”也出现在部分教科书上。1994年开始使用的高中日本历史教科书（初中从1997年使用），毫无例外地记述“随军慰安妇”。历史教科书中关于日本侵略特别是残暴的战争犯罪的记述，是从80年代后期至90年代才逐渐得到改善的。篡改教科书的第二次攻势遭到惨败。