1999年9月，经教育部和上海市人民政府批准，上海农学院并入上海交通大学，组建成立上海交通大学农学院。上海农学院成立于1959年，1963年停办。1978年10月重建，1980年5月国务院正式批准建校。1978年复校后，特别是1992年邓小平同志视察南方谈话发表以来，上海农学院抓住机遇、加快发展，努力创办并初步形成具有都市现代农业的办学特色。

学院现有5个系；植物科学系、动物科学系、园林环境科学系、农村工程系、农村经济系和3个研究所：农业生物技术研究所、天然健康食品研究所、农村经济研究所。4个上海市教委重点学科点：植物遗传育种学科、兽医传染病及预防兽医疗学科、农艺学科、园林学科。

农学专业

本专业旨在以现代科学技术改造传统农业、以现代生物技术武装农业，培养具有农业基础理论和熟练的农业实践技能的高级农业技术人才。

农学专业含有五个研究方向；作物遗传资源与育种，植物分子生物学与细胞工程，作物高产载培生理，农业生态与可持续发展和都市草业工程。主要专业课有：植物学、基础生物化学、遗传学、土壤农业化学、田间试验与生物统计、农业微生物、农业生态学、植物病理学、农业昆虫学、植物生理学、现代农艺学、作物育种学、植物生物技术、现代种子种昔学、市场营销、农业外经贸概论。

毕业生适合从事农业科研院所、农业技术推广，农业中等、高等教育、各类企事业单位科研、教学、推广、管理和技术服务性工作。

园艺专业

本专业结晶在培养具有扎实的园艺植物科学理论基础、熟练的园艺植物生物技术操作技能的高级专业介才。

本专业含有6个研究方向：园艺植物遗传育种、园艺植物生物技术、园艺植物栽培生理、设施园艺栽培、园艺产品采后处理、园艺植物生态。主要专业课程有：植物学、基础生物化学、遗传学、土壤化学、田间试验与生物统计、农业微生物、农业生态学、植物病理学、农业昆虫学、植物生理学、园艺植物栽培学、园艺植物育种学、园艺植物生物技术、设施园艺学、现代种子种苗学、园艺产品贮藏加工学、园艺产品商品学

毕业生可从事园艺植物品种改良、园艺植物生产、园艺植物生物技术、园艺产品保鲜和加工、园艺企业的规划建设、经营管理、技术推广以及高等院校的教学和科研工作。

动物科学专业

动物科学是研究运动生产的一门应用科学，是农业科学的重要组成部分。动物科学以生物学、数学、化学及物理学为基础，应用生物工程、电子计算机技术、遥感技术、环境工程技术解决动物饲养、饲料、育咱、繁殖及畜牧经营中的各种问题。

本专业培养能适应畜牧业现代化需要的，具有良好的运动遗传育种、运动营养、饲料加工、动物生产与管理的基本理论与技能，高素质复合型运动科技高级管理的基本理论与技能，高素质复合型动物科技高级人才。本学科的研究方向包括运动遗传育种、动物营养与动物科学、胚胎工程、畜产品加工等。

主要课程有：动物解剖学、运动生理学、运动生物化学、动物遗传学、家畜育种学、动物营养学、家畜繁殖学、动物生产学、畜产品加工学、兽医学基础、生物统计与试验设计、家畜环境卫生学、企业经营管理和市场营销学等。

动物医学专业

动物医学是研究动物生命活动规律，疾病发生、诊断、治疗和预防的科学，是生命科学的重要组成部分。动物医学的研究对象，除传统的家畜和家禽外，还包括其它特种经济动物、实验动物、伴侣动物、观赏动物、野生动物和多种水生经济动物等。

本专业培养具有运动医学基本理论和现代实验、检验技能，运用现代科学技术预防和治疗畜禽群发性疾病，能胜任运动疾病的诊断和诊断和防治，兽医卫生检验，动物检疫以及畜牧兽医管理和教学、研究工作的高级科技人才。本专业的主要研究方向包括兽医微生物学、兽医免疫学、兽医流行病学、人畜共患病、实验运动模型等。

主要课程包括运动解剖学，家畜组织胚胎学，家畜生理学，动物生物化学，兽医病理学，兽医微生物学，兽医免疫学，兽医药理学，兽医临床诊断学，家畜传染病学，家畜寄生虫病学，兽医卫生检验，家畜内科学，家畜外科学，家畜产科学，中兽医学，畜牧学

园林专业

本专业具有以理工为主，文理兼融的特点，旨在培养园林植物应用和园林规划、设计、施工、管理等方面的高级专业人才。

本专业培养具有园林植物调查引种、载培、育种、繁殖、养护管理以及风景名胜区、森林公园、城市绿地的规划、设计、管理的理论知识和实践能力的高级人才；同时还培养室内绿化设计、插花及室内绿化植物养护管理等方面的高级人才。本专业有园林花卉载培育种、园林植物应用、插花、园林绿化规划设计、园林CAD、景观生态等研究方向。

主要课程有；花卉学、园林树木学、园林艺术、美术、园林规划、园林设计、建筑学、园林工程学、园林植物栽培学、园林植物遗传育种学、园林生态学、园林经营与管理等。

毕业生可以从事市、区、县园林、房地产、城建系统的有关部门以及大型宾馆、企事业单位、园林教研等部门的工作。

植物保护专业

本专业旨在培养从事植物保护领域技术研究与管理的高级人才。

本专业研究的方向包括都市型农业植物有害生物的综合管理及疫情检测，资源昆虫的开发与利用、农药的研制。

主要课程有：普通植物病理学、农业植物病理学、普通昆虫学、农业昆虫学、昆虫生态及害虫预测预报、植物药剂保护、害虫生物防治、资源昆虫的开发与利用、现代信息技术与植保等。

毕业生适应在植物保护领域的相关部门或单位，海关等从事植物保护、动植物检疫、农药研制、环境监测及现代化农业、企业等技术及管理工作，也可在各类教学科研部门工作。

农业资源与环境专业

农业资源的合理利用与保护是农业可持续发展的重要基础。本专业主要培养具备农业资源与环境方面的基本理论、知识与技能，能在现代农业、土地、环保、水利、农资部门或单位从事农业资源管理与利用、农业环保、生态农业、资源遥感与信息技术的领域的教学、科研、管理、生产等工作的高级技术人才。

主要课程有：环境土壤学、植物营养学、农业资源开发与利用、农业资源信息系统、环境质量与评价、资源与环境测试技术、农业资源调查与规划、农业生态学等。本学科有农业环境保护硕士学位授予权。

切械工程及自动化（农业设施与机械）专业本专业为工科，联系农科。培养具有农业设施与机械学科的理论知识，能合理运用各种动力、加工和运输机械设备，从事农业机械化工艺设计、农业机械化新技术以及农机管理等方面的高级技术人才。

主要专业课程有：机械制图与计算机绘画基础、机械设计、电工电子学、金属工艺学、汽车拖拉机学、农业机械学、园艺设施学、机电一体化技术、现代测试技术、农业机械化管理、农学基础、农业机械化新技术等。

毕业生可在农业机械设计、农业机械化生产管理及服务部门从事农业机械及相关装备设计、农业机械化规划与管理、教学与科研、营销与服务等方面工作。

农业水利工程专业

本专业旨在培养具备农业水利工程学科的基本理论和基本知识，能在农业水利、水电、水保等部门从事水利工程建设、管理以及教学、科研等方面工作的高级工程技术人才。

主要课程有：理论力学、材料力学、结构力学、水力学、土力学与地基基础、工程水文学、水工钢筋混凝土结构学、水利工程施工、灌溉与排水工程学、水工建筑物、水泵与水泵站、环境水利学等。

本专业的方向是：在农业水利工程中从事勘测、规划、设计、施工、管理、试验研究，在城市水利工程中从事城市防洪、防汛、排涝、水资源保护和水环境方面的研究、整治。

学生毕业后可到各级水利局、农业局及其下属单位工作，可在水利设计院（所）、施工企业、管理机构工作，也可在高等院校从事教学以及从事与水利相关的科研工作，还可以报考相关专业的研究生继续深造。

食品科学与工程专业

食品科学与工程是一门运用化学、物理学、微生物学和食品工程原理等各方面基础知识，研究食品资源利用、生产和贮运的各种问题，探索解决问题的途径，实现生产合理化、科学化和现代化，并对原料、辅助材料及成品的质量进行检验，为人类提供营养丰富、品质优良、种类繁多、食用方便的食品的一门科学。

本专业旨在培养具有化学、生物学、食品工程和食品技术知识，能在食品领域从事食品生产、贮运管理、质量监控、科研设计和新产品开发的高级工程技术人才。本学科的研究方向包括农产品贮运与保鲜、食品加工高新技术、食品分析、保健食品等。

主要专业课：食品化学、有机化学、物理化学、食品微生物学、食品酶学、食品工程原理、食品分析、食品营养、食品工艺学、食品冷冻学等。

农林经济管理专业

本专业以农业经济宏观管理、农村区域管理和农业企业经营管理为主要专业方向。培养适应农村经济发展需要的农业经济管理、农业企业经营管理方向的德智体全面发展的复合型高级农村经济管理人才。主要专业课程有：经济学原理、西方经济学、会计学、统计学、农村经济学、现代企业管理、市场营销学、农业技术经济学、计量经济学、企业财务会计、投资项目评估与管理、土地资源管理、企业信息管理、财经英语、财务管理等。

毕业生主要去各类公司企业从事经营管理或企业财务工作，以及去政府部门和事业单位从事行业管理和教学研究工作。

金融学专业

本专业以金融业务和金融业务经营管理为主要专业方向。培养适应经济发展需要的金融经营管理方向的德智体全面发展的综合性高级金融人才。主要专业课程有：经济学原理、西方经济学、会计学、货币银行学、国际金融学、商业银行经营管理、财务会计、银行会计、财政学、国际结算、保险学、证券投资、投资银行经营管理、期权期货交易、投资项目评估与管理等。

毕业生主要去向为各商业银行、投资公司、保险和证券公司等金融机构从事金融业务和金融管理化可去各类公司企业和政府部门、事业单位从事企业财务、公司金融管理，公务员或教学研究工作。

国际经济与贸易专业

本专业以国际商务业务、农产品国际贸易和对外经济贸易经营管理为专业主要方向。培养适应农村外向型经济、涉外经济贸易业务和外贸公司经营管理需要的德智体全面发展的国际经济与国际贸易复合型高级国际商务人才。

本专业主要课程有：西方经济学、国际贸易理论、进出口贸易实务、国际金融学、国际营销学、国际投资学、国际商法、国际经贸函电、国际结算、现代企业管理、农产品国际贸易、贸易投资经济分析、外贸英语、外贸运输与保险、农产品储运加工等。本专业毕业生可去各类外贸公司，"三资"企业和政府部门从事国际商务业务及对外经济与贸易的经营管理工作，也可到其他行业企事业单位从事经营管理工作或教学研究工作。