上海第二医科大学是1952年全国高等医药院校系调整时，由圣约翰大学医学院、震旦大学医学院和同德医学院合并建立的，以原名震旦大学为校址。原名上海第二医学院，1985年6月改为现名。

主要任务遵照党的教育方针，坚持四项基本原则，积极为社会主义现代化建设培养有理想、有道德、有文化、有纪律，德、智、体全面发展的高级医师、生物医学工程师、医学检验师、护师、营养师和高级卫生事业管理人才。

专业设置有临床医学、口腔医学、医学检验、生物医学工程、高级护理和公共事业管理、视能检测、口腔工艺技术、医疗保险、计算机及其应用等10个专业，教学前期的医学基础课在基础医学院就读，教学后期的专业课在各临床医学院（医院）就读。

学位授予权限有博士学科专业点31个，博士生导师154名，硕士专业点47个，硕士生导师420名（在岗），研究生通过论文答辩，本校可授予博士或硕士学位。从1988年起试办本科七年制，毕业时授予硕士学位。本科毕业生授予学士学位。

学校规模学校占地面积为500余亩，其中校本部为130余亩；建筑总面积40多平方米，校本部占15万平方米。建校以来已为国家输送医科毕业生24000余名，还有留学生130名。现有在校学生5700余名，其中博士、硕士研究生近700名。

师资力量学校现有教职医护员工12429余人，其中业务人员9914人，具有高级职称的在职人员1205人，包括正教授、主任医师389人，副教授、副主任医师694人。我校拥有4名中国科学院和工程院院士。

重点学科学校内分泌学、消化疾病学等2个学科为国家重点学科。消化疾病、内分泌、血液学、心血管疾病、口腔颌面外科学、整复外科学、围产医学、核医学、免疫学、分子生物学、组织胚胎学、骨科学、普通外科学、灼伤科学、小儿心血管疾病学、药物化学、肾脏病学、口腔内科学、麻醉学、风湿病学、小儿血液病学和医学细胞生物学等22个学科为上海市重点学科。

研究机构有上海市伤骨科研究所、高血压研究所、儿科医学研究所、内分泌研究所、免疫学研究所、口腔医学研究所、消化疾病研究所、生物医学工程研究所、血液学研究所、烧伤研究所、整复外科研究所、消化外科研究所以及传统医学研究中心、生殖医学研究与培训中心、生物材料研究测试中心、组织工程研究中心和卫生部法语培训中心等。另外还有3个卫生部重点实验室和6个市科委和教委的重点实验室。

仪器设备万元以上的设备总值达8.7亿元，贵重精密仪器设备5230台件，包括染色体自动分析仪、色质谱联用仪、核磁共振仪、原子吸收光谱仪、DNA合成仪、高倍透射和扫描电子显微镜、流式细胞仪和图象系统等。

附属医院和教学医院有瑞金、仁济、新华、九院、宝钢医院和上海儿童医学中心6所附属医院，总病床4800余张。每年接受住院病人10万人次，门急诊病人527万人次。另有一所卫生技术学院，以及全国重点中专-上海第二医科大学卫生学校。还有第六人民医院等15所教学医院。

国内外科技协作和学术交流在国内与复旦大学等院校建立了教学协作关系，在国际上与法、日、德、比利时、波兰、荷兰等国的26所医学院校建立了校际联系。聘请了欧美、日本等国家著名学者担任名誉教授、顾问教授和客座教授。还与世界卫生组织、香港华夏基金会、联合国人口基金会有着广泛联系。学校每年选派不同学科的教师赴国外学习、进修和交流。