数学科学学院成立於1997年。她是由原南开大学数学系的五个专业及南开数学研究所合并而成。南开大学数学系由姜立夫先生创建于1920年,几十年来为我国近代数学的发展培养了大批卓越的人才。如当代著名数学家陈省身先生、著名数学家与教育家江泽涵教授、吴大任教授，早年就毕业于南开数学系。解放后，南开大学数学系有了长足的发展，新创办了一些国家急需的专业，如计算机软件专业、自动控制专业、信息科学专业、概率与统计专业等。1985年计算机软件专业、自动控制专业从数学系分离出去，成立了计算机与系统科学系。1986年由国家教委批准在数学专业内成立了数学试点班。该班每年从全国高中数学竞赛的优胜者中免试录取30—35名学生。毕业时成绩优秀的可免试录取为硕士研究生。该班93年被国家教委批准为国家基础科学研究与教学人才培养基地。1996年南开大学首批进入“211”工程重点建设单位。我院被列入南开大学“211”工程四个半重点立项单位之一。数学科学学院现有三个专业、五个系，两个重点学科。

南开数学研究所成立於1985年，第一任所长由中国科学院外籍院士、美国科学院院士、英国皇家学会国外院士、1983年度沃尔夫奖获得者、美国数学研究所前所长陈省身博士担任。该所目的是延揽中外数学家在一起，为促进中国纯粹和应用数学发展作出了贡献。办所方针是：立足南开，面向全国，放眼世界。该所每年确定一个或几个重点方向，包括微分拓扑、微分几何、微分方程、非线性分析、几何代数、调和分析、概率统计、信息科学等。研究所工作根据国家需要并把青年数学家的培养放在首位。