电子工程系是东南大学信息科学与技术领域集教学、科研、科技开发为一体的重点系科之一。现设有“电子科学与技术”一级学科博士点和博士后流动站，下设“物理电子学”、“微电子学与固体电子学”、“电路与系统”三个二级学科博士点，以及“光学工程”一级学科硕士点。

本系物理电子学（原物理电子学与光电子学）始建于1952年，在全国同类专业中创建最早，是国务院首批可授予博士、硕士学位的学科点，已为国家培养了大批优秀人才（博士、硕士毕业生共计划处50余名），其中有中国科学院院士、电子科技技大学校长刘盛纲教授，中国工程院院士、教育部副部长韦钰教授等。微电子学与固体电子学（原半导体器件与微电子学）专业是全国创建最早的微电子学学科专业之一，发展迅速，一批优秀毕业人才已在国际、国内高科技公司和相关领域脱颖而出。

本系师资力量雄厚，拥有博士生导师14名、教授27名、副教授20名，一批学者在全国学术团体、专家组担任重要职务，如国务院学术委员会学科评议组成员、全国电子类专业教学指导委员会副主任和委员、中国真空学会、电子学会的理事和副理事长等。具有博士、硕士学位的教师占教师总数的比例已分别达到26%和60%，跨世纪的骨干教师已经形成。

本系设有国家专用集成电路系统工程技术研究中心和东飞显示技术开发中心两个国家级科研基地以及毫米波国家重点实验室，拥有十个实验室和先进的科研仪器、设备，完成了多项国家和部省级科研项目，与Philips、MOTOROLA、AT&T、OPTIGAIN、E-TEk、华为、航科、熊猫电子、华晶、彩虹、同创等国际、国内著名的信息产业集团和公司建立了良好的合作关系，成功地实现了科技成果的转化。

本系科研经费充足，目前承担着国家、部省级多项高新技术重点项目，负责多项国家自然科学基金课题和重大基金项目，承负为上述企业在相关领域开发新产品的任务。